Im Jahr 1979 war die DBE zunächst als 100% mittelbares, bundeseigenes Unternehmen gegründet. Im Zuge der Privatisierung bundeseigener Unternehmen haben sich die Gesellschafterverhältnisse geändert. Heute ist die GNS Gesellschaft für Nuklear-Service mbH mit 75% an der DBE beteiligt, 25% befinden sich im Eigentum der bundeseigenen Energiewerke Nord GmbH.

Die DBE TECHNOLOGY GmbH ist ein 100%iges Tochterunternehmen der DBE.