Nach der Wiedervereinigung Deutschlands hat die DBE die Betriebsführung des Endlagers Morsleben für schwach- und mittelradioaktive Abfälle übernommen. Bis 1998 wurden dort weiter solche Abfälle eingelagert. Der Bund hat im Jahr 2001 abschließend entschieden, dass nicht mehr eingelagert werden soll.

Gegenwärtig wird die Stilllegung des Endlagers vorbereitet. Hierzu gehört auch die vollständige Überdeckung der Einlagerungsbehälter. In den Jahren 2005 bis 2011 wurden ca. 1 Mio m³ Salzbeton in das Bergwerk eingebracht, um die bergbauliche Sicherheit zu gewährleisten.